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『できるバイオインフォマティクス』の改訂版。
前著発刊からの11年間で飛躍的に発展した生物科学の情報を,パソコンやタブレット端末で収集・活用する方法を基礎から学べる。豊富な図版や画像で,初心者にもわかりやすく解説。
すでに薬学への応用が実現している最新事情を紹介し,読者もWebで創薬を試みることができる。生物情報のデータベースとソフトウェアツールを自在に扱えるようになる本。
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目次
1 分子生物学データベースを利用してみよう
実習の前に
分子生物学データベースの基礎知識
分子生物学データベース
パスウェイデータベース
実習
実習1 タンパク質配列データ取得
実習2 タンパク質立体構造データ検索
実習3 遺伝子情報の検索
実習4 ゲノム種別配列の取得
参考文献および関連サイト
2 配列を比較してみよう
実習の前に
配列を比較する意味
配列を比較する方法
生物学的意味を持つ文字(アミノ酸残基)置換
相同性配列検索
多重配列アラインメント
系統樹解析
実習
実習1 相同性配列検索
実習2 多重配列アラインメント
実習3 プライマー設計
参考文献および関連サイト
3 タンパク質の立体構造を予測してみよう
実習の前に
タンパク質立体構造予測
予測構造の評価
タンパク質−タンパク質複合体予測
実習
実習1 ホモロジーモデリング法
実習2 タンパク質−タンパク質ドッキングによるタンパク質複合体予測
実習3 タンパク質折りたたみ体験
参考文献および関連サイト
4 文献データベースを活用してみよう
実習の前に
Entrez:分子生物学データ統合検索システム
実習
実習1 指定した論文の検索
実習2 Advanced機能による検索
実習3 MeSH項を利用した広域論文の検索
実習4 My NCBIによる個人設定
参考文献および関連サイト
5 配列情報からタンパク質の機能を予測してみよう
実習の前に
遺伝子オントロジー
モチーフデータベース
モチーフの表現方法
膜貫通領域の推定
シグナルペプチドの予測
細胞内局在予測
実習
実習1 モチーフ検索
実習2 シグナルペプチド予測
実習3 細胞内局在予測
実習4 膜タンパク質予測
参考文献および関連サイト
6 立体構造情報からタンパク質の機能を予測してみよう
実習の前に
タンパク質の立体構造情報と機能
立体構造モチーフ
タンパク質の折りたたみ様式
実習
実習1 活性ポケット候補部位探索
実習2 リガンド結合および活性部位予測
実習3 静電ポテンシャル解析
参考文献および関連サイト
7 ゲノムデータを閲覧してみよう
実習の前に
ゲノム地図の作成と塩基配列の決定
ゲノム配列を調べる
ゲノムデータの閲覧ツール:ゲノムブラウザ
これからのゲノム解析
実習
実習1 ゲノムプロジェクト検索
実習2 遺伝子検索
参考文献および関連サイト
8 生物情報をネットワークで眺めてみよう
実習の前に
生体ネットワークの種類と表現方法
ネットワークの解析方法:次数分布とスケールフリー性
ネットワークの解析方法:クラスター係数
実習
実習1 代謝データベース検索
実習2 化合物、遺伝子情報検索
実習3 ネットワークの可視化と編集
参考文献および関連サイト
9 創薬研究に情報科学を活用してみよう
実習の前に
LBDDとSBDD
LBDDによるインシリコスクリーニング
SBDDによるインシリコスクリーニング
実習
実習1 化合物類似性検索
実習2 タンパク質と化合物のドッキング計算
参考文献および関連サイト
10 生物情報リテラシーに残された課題
生物情報に対する研究の歩み
バイオインフォマティクスの残された課題
問題解決への仮説
仮説を裏付ける若干の証拠
参考文献および関連サイト
付録 バイオインフォマティクス関連webサイト
索引
Nakayama Shoten Co., Ltd.