小 計 | 0 円 | ||
消費税 | 0 円 | ||
合 計 | 0 円 |
無料ながら機能が豊富である「フリーソフトR」は,実行するために「スクリプト」を記述する必要があり,「難しい」という印象を与えている.
本書は統計に必要なスクリプトをあらかじめ準備し,そのスクリプトからRを実行でき,初学者でも非常に取り組みやすい.
さらに豊富な事例データをもとに,2群の比較から分散分析,多変量解析など,医療統計で使われる検定を具体的に学習できる.
本書のご購入者には,Mac版Rのインストールと使い方などを解説した「特別付録」,Mac版用のRスクリプトと事例データも,以下のURLからダウンロードできるようになりました.
R(バージョン3.4.1~3.5.0)をお使いの場合の注意点を追加しました.
https://www.nakayamashoten.jp/r/
関連書籍
- 15レクチャーシリーズ リハビリテーションテキスト リハビリテーション統計学
- 生存時間解析がこれでわかる! 臨床統計まるごと図解
- マイナスから始める 医学・生物統計
- 本当はやさしい臨床統計
- らくらく生物統計学
目次
はじめに
序章 統計ソフトRのインストールと使い方
A Rの特徴と動作環境
B Rのインストール
1.Rスクリプト・R_dataのダウンロード
2.Rのインストール
C Rの使い方
1.Rを走らせる
2.実習用スクリプトの読み込み
3.ディレクトリ(フォルダ)の固定方法
4.実習用スクリプトを使ってみる
5.スクリプトの修正と保存
6.終了手順と再開手順
第1章 統計の基礎
A Rによる統計処理の基礎的知識
1.「EXCEL」でデータを作成する
例1.1 データの読み込みと確認
2.Rでデータセットの読み込み
1)テキストデータの読み込み
2)EXCEL ファイルの読み込み
3.Rでデータセットの確認
4.Rのデータセットの構造
5.変数名の明示化(データセットの1 行目を変数名に使える)
6.ケース(行)の抽出
7.一部の変数のみを抽出したデータセットを作成
8.変数の抽出
9.変数の追加
10.Rでの注意点
11.Rの式と関数
12.統計関数
13.Rのデータタイプ(型)
B 記述統計
1.データの種類
1)データ
(1)スケール(間隔・比率尺度)に基づくもの
(2)順序尺度(順位尺度)に基づくもの
(3)名義尺度(名目尺度)に基づくもの
(4)2値データ
問1.1 次のデータはどの尺度か?
2)基本統計量
(1)代表値(中心傾向の測度)
(2)ばらつきを表す値(ばらつきを表す測度)
コラム 数式が苦手な人のために
例1.2 代表値の計算
例1.3 ばらつきの計算
例1.4 基本統計量の計算
問1.2
3)分布型の話
問1.3
4)正規分布
例1.5 偏差値の使い方
問1.4
例1.6 中性脂肪に対する正規性の検定(Shapiro-Wilk検定)
例1.7 中性脂肪の対数変換とその正規性の検定
5)不偏推定量
問1.5
6)平均値の標準偏差が標準誤差となる理由
7)グラフ表示
例1.8 ヒストグラムと箱ひげ図
C データの収集
1.対照群の必要性
2.無作為抽出または無作為割り当てとマッチング
(1)無作為抽出
(2)無作為割り当て
(3)マッチング
問1.6
問1.7
3.無記名アンケートと二重盲検法
4.層別化
例1.9 層別化を必要とする例
D 統計的判断とは
1.仮説検定
2.両側検定と片側検定
3.仮説検定の立て方と検定用統計量
4.統計処理についての手順と注意
(1)研究計画とデータの収集
(2)統計前処理
(3)統計ソフトの選択
(4)統計手法の選択
(5)比較の方法
第2章 2群の比較
A 母集団と標本との比較
1.母平均と標本平均の比較(スケールの場合)
1)正規分布するデータで母SDが既知の場合:Z検定
2)正規分布するデータで母SDが未知の場合:t検定
例2.1 母平均と標本平均の比較(1標本t検定)
問2.1 全国平均との比較(1標本のt検定)
2.母比率と標本比率の比較(1標本カイ2乗検定)
1)カイ2乗検定(1標本カイ2乗検定)
例2.2 母比率と標本比率の比較(1標本カイ2乗検定)
問2.2 全国比率との比較(1標本のカイ2乗検定)
B 対応のある2群の比較
1.正規分布をしている場合:対応のあるt検定
例2.3 2群の比較:正規分布をしている場合:対応のあるt検定
問2.3 肥満対策の評価(対応のあるt検定)
2.符号付き順位和検定(WilcoxonのT検定)
例2.4 符号付き順位和検定(WilcoxonのT検定)
3.符号検定(S検定:sign test)
例2.5 符号検定(S検定:sign test)
C 独立した標本の比較
1.母SDが既知で等しい場合:Z検定-1
2.母SDは既知であるが等しくない場合:Z検定-2
3.等分散性の検定(F検定)
1)母分散は未知でF検定で分散が等しいと判断された場合(Student のt検定)
2)母分散は未知でF検定で分散が等しくないと判断された場合(Welchのt 検定)
例2.6 F検定の結果によるt検定
問2.4 身長の男女比較(対応のないt検定)
4.データが正規分布していない場合の独立した標本の比較:平均ランク検定(Mann-WhitneyのU検定)
例2.7 Mann-WhitneyのU検定
問2.5 研修受講率に対する管理職の影響(Mann-WhitneyのU検定)
第3章 関係を調べる
A 2変量の統計
1.基本統計量
1)平方和と積和
2)修正ずみ平方和と積和
3)分散と共分散
4)不偏分散と不偏共分散
B 順序およびスケール尺度データの統計図表と相関係数および回帰式
1.クロス集計表と箱ひげ図
例3.1 関係を示す統計図表
2.散布図とPearsonの相関係数
例3.2 散布図と相関係数および回帰式
問3.1 身長と体重の関係(散布図,相関係数)
3.Spearmanの相関係数(順位相関係数)
例3.3 肥満度と循環器判定(クロス集計表とSpearmanの相関係数)
問3.2 理解能力と表現能力の関係(クロス集計表,順位相関係数)
C 名義尺度データの統計表と検定
1.対応のない2群の比率を比較する
例3.4 避妊教育の性差(2×2表)
例3.5 肥満と循環器判定の関連性(大きな表)
2.母比率との比較
例3.6 性行動比率の過去との比較(母比率との比較)
コラム 診断精度関係用語
3.対応のある2群の比率を比較する
例3.7 授業の効果(対応のある2群の比率を比較)
問3.3 授業の効果(マクネマーのカイ2 乗検定)
D ROC 曲線
例3.8 便潜血検査の有効性(ROC曲線)
問3.4 体調,腫瘍マーカ,便潜血について大腸がんの診断への有効性(ROC曲線)
コラム パッケージのインストール方法
第4章 生存率と危険度
A 生存率
1.生存率の計算方法:Kaplan-Meier法
2.生存率曲線の検定
例4.1 抗がん剤の副作用抑制(生存率曲線と検定)
問4.1 心臓移植と生存率(生存率曲線と検定)
B 危険度
1.前向き研究:コホート調査
例4.2 喫煙と肺がん(相対リスク)
問4.2 喫煙と肺疾患のコホート研究(相対リスク)
2.後ろ向き研究:ケース・コントロール研究
例4.3 大腸がんと母親のがん既往歴(オッズ比)
第5章 多変量解析
A 多変量解析とは
1.多変量データと多変量解析
2.多変量解析の分類
B 重回帰分析
1.重回帰モデル
2.検定
例5.1 生物学的年齢予測式(重回帰分析)
C 多重ロジスティック回帰分析
1.重回帰分析との違い
2.多重口ジスティック関数
3.順序データと名義データの2値化
1)順序データの2値化
(1)ダミー変数を使う方法
(2)科学的根拠や経験により前半と後半に分ける方法
(3)中央値により前半と後半に分ける方法
2)名義データの2値化
4.多重ロジスティック回帰
例5.2 大腸がんのリスク因子(多重ロジスティック回帰)
D Cox比例ハザード解析
例5.3 ライフスタイルと糖尿病発症(Cox比例ハザード回帰)
E 判別分析
1.マハラノビスの距離
2.線形判別式
例5.4 複数の検査結果からの疾病の診断(線形判別関数)
F 主成分分析
1.主成分とは
2.主成分分析の実際
例5.5 患者が病院を選ぶ因子(主成分分析)
G 因子分析
1.因子負荷量
2.共通性の推定
3.因子数の決定
4.因子軸の回転
5.因子分析の実際
例5.6 患者が病院を選ぶ因子(因子分析)
第6章 多群の比較
A 同時推測
1.対照群との比較とすべての対の比較
2.対応のある多群の比較と対応のない多群の比較
3.なぜ個別の2 群の比較の単純な繰り返しではいけないのか?
B 独立した多群の比較
1.一元配置分散分析
例6.1 赤血球数の年齢間比較(一元配置分散分析)
2.二元配置分散分析
例6.2 年代およびストレスレベルの違いによる女性の赤血球数の比較(二元配置分散分析)
3.Kruskal-Wallis検定
例6.3 6つの地域間での女性の赤血球数の同時比較(Kruskal-Wallis検定)
4.Mann-WhitneyのU検定
C 対応のある標本の比較
1.反復測定の分散分析
例6.4 3つの年度間での20歳代女性の赤血球数の対応のある比較(反復測定の分散分析)
2.Friedman検定
例6.5 40歳代女性の3つの年度間でのBMIの対応のある比較(反復測定のFriedman検定)
3.WilcoxonのT検定
例6.6 ポストホック検定(WilcoxonのT検定とBonferroniの補正)
4.CochranのQ検定
例6.7 20歳代男性の健診総合判定変化の同時比較(CochranのQ検定)
5.McNemarのカイ2乗検定
例6.8 ポストホック検定(McNemarのカイ2乗検定とBonferroniの補正)
第7章 研究計画法
A 研究の目的について
B 研究方法について
1.ケース・シリーズ研究
2.断面調査研究
3.ケース・コントロール研究
4.コホート研究
5.自己コントロール試験研究
6.無作為化試験研究
1)無作為抽出
2)無作為割り当て
7.クロスオーバー試験研究
C 研究計画の不備で起こる諸問題
1.脱落によるバイアス
2.頻度によるバイアス
3.参加意識差によるバイアス
4.所属グループによるバイアス
5.割り当てによるバイアス
D 統計的判断に必要なデータ数について
1.プリテスト
2.計算による必要データ数の推計
3.統計パッケージを使ったシミュレーションによる必要データ数の推計
4.標本数の推計支援プログラム
E 論文の書き方について
付録
1 統計処理のガイダンス
2 正規分布の例
3 算数的判断と統計学的判断
(1)コインを4 回トスする実験
(2)箱からボールを20 回取り出す実験
(3)サイコロを12 回撮る実験
4 退院患者と入院患者の疾患統計の違い
略解
本書で取りあげたRスクリプト一覧
索引
Nakayama Shoten Co., Ltd.